Возвращение крестов вершит пятнадцатилетний труд настоятеля храма протоирея Павла Третьяка и прихожан по его восстановлению. Кресты эти родные храму, они были установлены ещё в прежние времена и чудесным образом сохранились в советские годы. Долгое время находились на реставрации у ярославских мастеров и вот теперь возвращены на своё место.
Перед тем, как подъёмный кран вознёс их над обителью, ещё на земле митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон совершил чин освящения крестов. Радостью светились лица людей, ставших свидетелями торжества. «Крест – символ нашего спасения и возрождения России», – говорили верующие.
Церковь Николы на Меленках была построена ярославским купцом Мартинианом Дурандиным на его собственные деньги. Возводилась она на святом месте, до этого здесь был Николо-Сковородский монастырь, сожжённый в 1609-м году поляками, захватившими окрестности Ярославля. «Сковородой» на Руси называли пластинки, било, заменявшие колокол.
Расписывали храм ярославские мастера во главе с иконописцем Фёдором Фёдоровым, те самые, что расписывали ярославские церкви Ильи Пророка и Иоанна Златоуста. Но работу в Николе на Меленках они завершить не успели, их вызвали в Санкт-Петербург расписывать один из столичных храмов. И завершали её уже в наши дни современные ярославские реставраторы.
В 1997 году храм был возвращён Ярославской епархии после того, как в советские времена здесь находились и мастерские, и склад. Сделать предстояло немало, поэтому службы и работа зачастую шли одновременно. «Мы должны быть благодарны Господу за то, что Он Своею благодатью покрыл нашу немощь и сотворил второе рождение нашего храма», – сказал, обращаясь к прихожанам, владыка Пантелеимон.