Из вашего вопроса не совсем ясен статус компании. Если имеется задолженность перед контрагентом, то это компания является должником, а контрагент – кредитором (ст. 307 ГК РФ).
Итак, у контрагента-кредитора заблокирован счёт за неуплату налогов. Приостановление операций по счёту означает прекращение банком всех расходных операций по данному счёту (ст. 76 НК РФ). На приходные операции с заблокированным счётом запрет, установленный ст. 76 НК РФ, не распространяется.
Следовательно, вы можете произвести оплату непосредственно на счёт контрагента – поступившие деньги будут зачислены банком на его заблокированный счёт.
Другой вариант: можно перечислить деньги третьему лицу, указанному контрагентом. Например, контрагент может попросить уплатить день-ги в счёт погашения его задолженности перед третьим лицом. Такой способ исполнения обязательства перед контрагентом абсолютно законен. Статья 312 ГК РФ допускает исполнение обязательства лицу, управомоченному кредитором.
Для этого следует запросить у кредитора письмо с указанием наименования организации, которой следует направить деньги, её ИНН, банковских реквизитов, номера и даты договора между кредитором и этой организацией.